ജൂൺ 19 ന് രാവിലെ മൂന്ന് പേരും ചേർന്ന് വീഗാലാന്റിലേക്ക് യാത്ര പോയി. അന്ന് രാത്രി എട്ട് മണിയോടെ കായംകുളത്ത് തന്നെ തിരിച്ചെത്തി. എന്നാൽ രാത്രി തന്നെ വീട്ടിൽ നിന്ന് ഇറങ്ങി. ചൊവ്വാഴ്ച മുതൽ പല സ്ഥലങ്ങളിലായി മാറി മാറി താമസിക്കുകയായിരുന്നു. ഇന്നലെ വൈകിട്ട് കോഴിക്കോട് നിന്ന് സൂപ്പർഫാസ്റ്റിൽ കയറിയ അദ്ദേഹം കോട്ടയത്ത് പിടിയിലാവുകയായിരുന്നു. കോഴിക്കോട് നിന്ന് കൊട്ടാരക്കരയ്ക്ക് ടിക്കറ്റ് എടുത്തായിരുന്നു നിഖിൽ തോമസിന്റെ യാത്ര. രണ്ട് കൂട്ടുകാരെ പൊലീസ് കസ്റ്റഡിയിലെടുത്തതാണ് നിഖിലിന്റെ അറസ്റ്റിലേക്ക് നയിച്ചത്. ചേർത്തല കുത്തിയതോട് നിന്നാണ് നിഖിലിന്റെ സുഹൃത്തുക്കളായ എസ്എഫ്ഐ പ്രവർത്തകർ കസ്റ്റഡിയിലായത്. ഇവരാണ് നിഖിലിന് വർക്കലയിൽ താമസ സൗകര്യം ഏർപ്പാടാക്കിയത്. ഇന്നലെ വൈകിട്ട് മുതൽ നിഖിൽ കീഴടങ്ങുമെന്ന സൂചനയുണ്ടായിരുന്നു. എന്നാൽ നിഖിലിനെ പിന്തുടർന്ന് അറസ്റ്റ് ചെയ്യുകയായിരുന്നുവെന്ന് പൊലീസ് വ്യക്തമാക്കി.