സ്കൂളിന്റെ വരവ് ചെലവ് കണക്കുകളും സാക്ഷി മൊഴികളും പരിശോധിച്ചുകൊണ്ടുള്ള പ്രാഥമിക അന്വേഷണത്തിൽ ആരോപണത്തിൽ കഴമ്പുണ്ടെന്ന് നേരത്തേ വിജിലൻസ് കണ്ടെത്തിയിരുന്നു. ഇതിന്റെ തുടർച്ചയായാണ് ഇ.ഡി അന്വേഷണം ആരംഭിച്ചതും സ്വത്ത് കണ്ടുകെട്ടുന്ന നടപടിയിലേക്ക് കടന്നതും.
നേരത്തേ കെ.എം. ഷാജിയെയും ഭാര്യയെയും എന്ഫോഴ്സ്മെന്റ് ഡയറക്ടറേറ്റ് പല തവണ ചോദ്യം ചെയ്തിരുന്നു. രണ്ട് മാസം മുമ്പ് ഷാജിയുടെ ഭാര്യയെ 11 മണിക്കൂറോളം ചോദ്യം ചെയ്യുന്ന സാഹചര്യവുമുണ്ടായിരുന്നു.