ബലാത്സംഗ കേസില്‍ സ്വാമിക്കെതിരെ കേസുമെടുത്തു. തുടര്‍ന്ന് മജിസ്ട്രേറ്റിന് മുന്നിലും പെണ്‍കുട്ടി സ്വാമിക്കെതിരെ മൊഴി നല്‍കി. എന്നാല്‍ താന്‍ തന്നെയാണ് ലിംഗം മുറിച്ചതെന്നാണ് ഗംഗേശാനന്ദ ആദ്യം മൊഴി നല്‍കിയത്. എന്നാല്‍ പിന്നീട് ഇത് മാറ്റി, ഉറക്കത്തില്‍ ആരോ ആക്രമിച്ചതാണെന്ന് മൊഴി നല്‍കി.
കേസ് അന്വേഷണം പുരോഗമിക്കുന്നതിനിടയില്‍ സ്വാമി പീഡിപ്പിക്കാന്‍ ശ്രമിച്ചിട്ടില്ലെന്നും താന്‍ കൊല്ലാന്‍ ശ്രമിച്ചിട്ടില്ലെന്നും കാണിച്ച്‌ പെണ്‍കുട്ടി പൊലീസിനെ സമീപിച്ചതോടെ കഥ മാറി. സ്വാമിയുടെ സഹായി അയ്യപ്പദാസാണ് ആക്രമിച്ചതെന്നാണ് പെണ്‍കുട്ടി പരാതി നല്‍കിയത്.
കേസ് റദ്ദാക്കണമെന്ന് ആവശ്യപ്പെട്ട് ഗംഗേശാനന്ദ കോടതിയെ സമീപിച്ചപ്പോഴും പരാതിക്കാരി സ്വാമിക്ക് അനുകൂലമായി മൊഴി നല്‍കി. എന്നാല്‍, ഉന്നത പൊലീസുദ്യോഗസ്ഥര്‍ക്ക് കേസില്‍ പങ്കുണ്ടെന്ന് കാട്ടി സ്വാമി ഡിജിപിക്ക് പരാതി നല്‍കിയതോടെ കേസ് ക്രൈംബ്രാഞ്ചിന് കീഴിലായി.
ഒരു വര്‍ഷം നീണ്ട അന്വേഷണത്തിനൊടുവില്‍ സ്വാമിയെ ആക്രമിച്ചത് പെണ്‍കുട്ടിയാണെന്നാണ് ക്രൈംബ്രാഞ്ചിന്റെ നിഗമനം. സുഹൃത്തായ അയ്യപ്പദാസുമായി ചേര്‍ന്നാണ് പെണ്‍കുട്ടി പദ്ധതി തയ്യാറാക്കിയത്. ഇവര്‍ തമ്മിലുള്ള ബന്ധത്തിന് തടസം നിന്ന സ്വാമിയെ കേസില്‍ പെടുത്തി ഒഴിവാക്കാനായിരുന്നു ഇരുവരുടെയും ശ്രമം.
ക്രൈംബ്രാഞ്ചിന്റെ ശാസ്ത്രീയ പരിശോധനയില്‍ ഗംഗേശാനന്ദ കളവ് പറഞ്ഞതാണെന്നാണ് കണ്ടെത്തല്‍. സംഭവദിവസം ഇരുവരും കൊല്ലത്തെ കടല്‍ത്തീരത്തിരുന്നാണ് പദ്ധതി ആസൂത്രണം ചെയ്‌തത്. കത്തി വാങ്ങി നല്‍കിയത് അയ്യപ്പദാസാണ്. ഗൂഗിളില്‍ സെര്‍ച്ച്‌ ചെയ്‌താണ് പെണ്‍കുട്ടി ലിംഗം മുറിക്കുന്നതിനെ കുറിച്ച്‌ പഠിച്ചത്. പുതിയ കണ്ടെത്തലുകളുടെ അടിസ്ഥാനത്തില്‍ പെണ്‍കുട്ടിയെയും സഹായി അയ്യപ്പദാസിനെയും കേസില്‍ പ്രതി ചേര്‍ത്തേക്കും.
